La DCE a force d’application en Guyane (DOM français). Le maillon des diatomées benthiques y est jugé pertinent pour l’évaluation des cours d’eau. Actuellement, un indice diatomique généraliste mondial (l’IPS) est utilisé pour la mise en place d’un dispositif réglementaire d’évaluation de l’Etat Ecologique applicable pour le Plan de Gestion des Masses d’Eau en cours (Arrêté Evaluation du 27 Juillet 2015). Toutefois, malgré une certaine consistance de l’évaluation produite, l’IPS pose des problèmes imputables à un décalage biogéographique rendant ce dispositif d’évaluation nettement perfectible (profils indiciels des taxons non-établis avec des données locales, nombreux taxons non décrits présents dans les inventaires, méconnaissance de la réponse des communautés aux pressions). Dans le contexte de la Guyane où les cortèges naturels sont encore largement méconnus, les études actuelles menées par Asconit en partenariat avec Hydreco et l’Irstea, sous financement ONEMA, Office de l’Eau et DEAL visent plusieurs objectifs : 1) identifier les espèces de diatomées benthiques des cours d’eau, dont beaucoup sont encore inconnues ; 2) examiner et situer les flores locales et leurs spécificités à l’échelle régionale et mondiale (particularités, taux d’endémisme, amplitude écologique des taxons et mise en relation avec leur aire de répartition) ; 3) coupler aux inventaires diatomiques les descripteurs environnementaux abiotiques pour préciser l’écologie des espèces et la typologie des assemblages sous forçages naturels et anthropiques ; 4) établir des relations pression anthropique-impact sur les flores ; 5) valoriser les nouvelles connaissances obtenues (taxinomie, écologie, biotypologie) sur le plan scientifique ; 6) en dériver la conception d’un nouvel indice diatomique réellement adapté au contexte guyanais pour le prochain plan de gestion, ainsi qu’un guide iconographique facilitant sa mise en ½uvre future par les opérateurs et gestionnaires des cours d’eau ; 7) préparer les futures investigations Barcoding sur ces communautés. Cette communication se propose de faire un bilan des avancées des différents objectifs précités et de présenter plus spécifiquement les premiers résultats de l’étude en cours sur les gradients de pressions spécifiques à la Guyane (orpaillage, agriculture, carrière de latérite, pollutions domestiques), ainsi que sur la réponse des communautés dans le contexte très particulier des zones aval des cours d’eau (influence des marées dynamiques et des entrées halines).