Le glyphosate et l’AMPA (phase dissoute après filtration) sont dérivés avec le 9-fluorenylmethylchloroformate (FMOC-Cl) afin de réduire leur polarité et d’augmenter la rétention des composés lors d’une séparation sur une colonne chromatographique à polarité de phases inversée (i.e. C18). L’échantillon dérivé est purifié par extraction liquide/liquide puis concentré grâce à une extraction sur phase solide (SPE). L’analyse est réalisée avec une technique de chromatographie liquide haute pression couplée à la spectrométrie de masse en tandem via une source electrospray (HPLC-ESI-MS MS). Le pH de la phase mobile doit être basique (pH=9-9,5) afin d’avoir de meilleures performances chromatographiques, ce qui implique l’utilisation d’une colonne particulière (phase stationnaire hybride).