La DCE doit s’appliquer de fait dans les DOM Français, dont fait partie la Guyane. Dans ce cadre, la qualité écologique des masses d’eau doit y être surveillée et rapportée périodiquement à l’Union Européenne. En raison des fortes spécificités biogéographiques de ce département, dont les flores et les faunes restent encore largement méconnues, il n’existe pas encore d’indice diatomique spécifiquement mis en place sur des données de Guyane, ce qui reste l’objectif de moyen terme. Quelques études scientifiques menées depuis 1999 en partenariat CEMAGREF-IRSTEA avec l’ORSTOM-IRD, ainsi que des suivis plus réguliers réalisés à partir de 2007 par ASCONIT dans le cadre des réseaux de surveillance, ont permis de capitaliser des analyses d’eau couplées avec des déterminations-comptages sur inventaires diatomiques. De nombreuses espèces locales sont nouvelles pour la science, d’autres ressemblent à des espèces déjà décrites, mais sans garantie que chacune d’entre elle partage la même écologie naturelle ou sous impact de l’anthropisation, à supposer qu’elle ait été déjà décrite précisément ailleurs. A l’heure actuelle, entre 800 et 900 taxons diatomiques différents ont été identifiés en Guyane et la liste s’allonge au fur et à mesure de l’observation de nouveaux inventaires. Dans l’attente de mise au point d’un ou deux nouveaux indices diatomiques Guyanais (approche taxonomique classique, approche de biologie moléculaire génomique), l’IPS (Coste in Cemagref, 1982), indice diatomique international, est utilisé pour interpréter les inventaires diatomiques de Guyane sur la base d’une note indicielle. Le présent rapport établit un récapitulatif des inventaires disponibles et de l’harmonisation des inventaires intéressants (i.e. qui couplent données abiotiques de qualité des eaux et inventaires diatomiques de bonne qualité) collectés de 1999 à maintenant. Elle retrace la démarche d’établissement des niveaux de référence à partir de l’IPS et la proposition de grilles d’EQRs par grande région naturelle de Guyane. Plusieurs scénarios de grilles ont été proposés et testés pour aboutir au choix : 1) d’une grille optimisée pour la grande région Amazonie d’une part, aux eaux très peu minéralisées et faiblement acides, et 2) d’une grille adaptée à l’évaluation des cours d’eau de la Plaine Littorale Nord regroupée avec le marais de Kaw, aux eaux sensiblement acides. Une synthèse des évaluations d’état diatomique sur cette base est présentée, ainsi que des recommandations pour leur mise en application dans le futur plan de gestion des masses d’Eau. L’IPS étant un indice généraliste mondial, quelques variabilités anormalement fortes de notation sont enregistrées sur zones de référence (ex : bassin hydrographique amont du Maroni). D’autre part, la sensibilité de la notation IPS à la conductivité et la salinité de l’eau amène à un diagnostic impacté à la fois par des influences halines littorales d’origine naturelle et par l’effet d’altérations anthropiques (exemple de la plaine littorale Nord). Ces problèmes rencontrés illustrent les limites d’un outil importé. La solution transitoire actuelle mobilisée pour le diagnostic d’état des cours d’eau devra donc être remplacée dès que possible par un indice mieux adapté au contexte biogéographique spécifique Guyanais.