Un programme de Recherche-Développement mené de 2008 à 2011 par le consortium ASCONIT Consultants – IRSTEA sur financements Office de l’Eau de la Réunion, DREAL, FEDER, ONEMA et autofinancement partiel des deux partenaires, a été réalisé dans le but de mettre au point et de transférer un indice diatomique permettant le diagnostic de qualité des cours d’eau de la Réunion (rapport final IDR daté du 10-10-2012), ainsi qu’un guide-taxonomique d’application et un guide-utilisateur. Cette première version d’indice donnait des résultats déjà relativement satisfaisants, mais il a été diagnostiqué quelques problèmes de jeunesse essentiellement du fait du manque de recul-données. A partir du jeu de données initial (269 relevés) augmenté de 2 années de fonctionnement de réseau de surveillance, ce sont 345 relevés en tout qui ont permis de mettre au point une nouvelle version d’IDR. 4 nouvelles versions d’indice ont été testées, qui ont été comparées à l’IDR-V1 et entre elles, et ont conduit à sélectionner l’IDR_V5. Il s’est ensuivi une phase d’optimisation de l’IDR-V5, qui a conduit, dans le Rapport d’Expertise et d’Etude daté du 04-12-2013, à adopter sa variante 4, sur la base d’une note-plancher atteignable en notation naturelle de [-330]. Le présent rapport a pour objectif d’étudier un dispositif d’Evaluation de l’Etat Ecologique des cours d’eau donnant de bons résultats dans chacun des 2 grands ensembles naturels de la Réunion (Zone Ouest plus chaude et sèche, Zone Est plus tempérée et pluvieuse). Un tunage fin autour de l’EQR de basculement TBE-BE de 0,94 a permis de tester plusieurs scénarios de grilles d’EQRs par région naturelle. Il a été repéré pour chacune d’elles la grille qui donne les meilleurs résultats d’évaluation au relevé individuel, ce qui a permis l’édition de cartes d’Etat au relevé à chaque campagne de terrain. Dans un contexte où les modalités d’évaluation au niveau national n’étaient pas encore précisées (la publication d’un nouvel Arrêté d’Evaluation devrait intervenir en Janvier 2015), un travail exploratoire a aussi été réalisé en dernière partie du présent rapport, afin d’étudier l’effet produit par différentes modalités d’agrégation temporelle des informations acquises à différentes dates sur le même site pour qualifier l’état écologique intégré du site. Le OO-AO a donné des résultats trop sévères. Un principe d’OO-AO ménagé (dérogation de 25% de profondeur de classe) a donné des résultats expertisés comme corrects sur la base des grilles proposées. Par contre, l’utilisation de la moyenne des informations sur 3 ans, comme désormais proposé au niveau national, donne des résultats trop laxistes sur la base de ces grilles. Il va être nécessaire de les retravailler et de compenser les problèmes de compression d’échelle constatés afin de les rendre utilisables pour l’évaluation intégrée des sites.