La Directive 2000/60/CE (DCE), qui vise à l'atteinte ou au maintien du Bon Etat Ecologique des masses d'eau européennes au terme de 2015, s'applique de droit pour les Départements d'Outre-Mer comme pour le territoire métropolitain. Les indices biologiques développés en métropole (exemples : IPS, IBD 2007 sur les diatomées benthiques des cours d'eau) ont été testés et posent d’importants problèmes d'assise taxonomique les rendant inappropriés dans un contexte biogéographique éloigné et isolé. C'est typiquement le cas pour la Réunion, dont les cortèges biologiques (faune, flore) se sont structurés sur un volcan ayant émergé directement depuis le fond de l'Océan Indien, conduisant à des milieux naturels d’eaux douce très isolés par le domaine maritime. De fait, les assemblages diatomiques locaux sont bien spécifiques et beaucoup d’espèces trouvées sur place sont présumées endémiques du fait de cet isolement, de conditions naturelles locales très particulières et de différences morphologiques plus ou moins marquées par rapport aux flores connues ailleurs dans le mondet. A la demande de l'Office de l'Eau de la Réunion, un programme de recherche spécifique impliquant le consortium ASCONIT-IRSTEA a été initialement mis en place entre 2008 et 2011. Il a ensuite connu des actualisations jusqu’à fin 2012, au gré de l’acquisition et de l’incorporation de nouvelles données. Les objectifs généraux du programme étaient : 1) l'acquisition de la connaissance taxonomique et hydro-écologique concernant les assemblages diatomiques locaux, 2) l'élaboration d'un guide taxinomique récapitulant les informations sur les espèces qui présentent un intérêt en monitoring, et 3) la genèse d'un nouvel indice diatomique (I.D.R.) bâti sur les référentiels acquis au cours de l'étude et permettant une évaluation judicieuse et robuste de l'Etat Ecologique des cours d'eau de la Réunion. Entre la fin du programme initial et fin 2012, les relevés utilisables sont passés de 269 à 345. Au final, après double seuillage portant sur l’occurrence du taxon et son abondance relative minimale dans au moins un relevé, 182 taxons ont pu se voir calculer un profil de qualité dans le Gradient Composite Multimétrique d’Anthropisation (GCMA). 12 taxons ayant une écologie typiquement halophile selon la littérature (influences halines littorales s’exerçant sur l’aval de certains cours d’eau), ce sont donc 170 taxons qui se sont vus attribuer un profil écologique dans l’IDR et qui participent effectivement à son calcul. Parmi eux, 125 taxons, qualifiés de Taxons +, ne revêtent aucune signification particulière sur le plan de l’altération anthropique. 55 espèces ont été qualifiées de taxons d’alerte à la signification gradée, parmi lesquelles 17 Taxons 3- (couleur rouge), 21 Taxons 2- (couleur orange) et 17 taxons- (couleur jaune), affectés d’un poids différent dans le calcul d’indice. Des exemples emblématiques de ces catégories de taxons seront présentés. La nouvelle version d’IDR, l’IDR V5-3, a résolu les problèmes de jeunesse de la première version. Elle a servi à repérer les niveaux de notes de référence pour 2 grands ensembles naturels de la Réunion (Côte Ouest sèche et chaude versus Côte Est plus fraîche et pluvieuse) et à établir 2 grilles d’évaluation exprimées en EQRs. Ces grilles sont d’ores et déjà utilisables pour évaluer l’état écologique de sites à chaque date sur la base de relevés individuels. Elles ont été utilisées, avec un principe d’One Out-All Out ménagé, pour réaliser une intégration temporelle de l’état écologique au site. Cependant, un principe différent d’agrégation va être adopté dans un prochain Arrêté d’évaluation à paraître prochainement, qui utilisera la moyenne des notes indicielles sur 3 ans, ce qui provoque une compression assez conséquente de l’échelle d’évaluation. Les grilles d’évaluation proposées pour l’Arrêté vont donc devoir être réadaptées et recalées pour pouvoir satisfaire à ce grain d’évaluation intégrée, qui n’avait pas fait l’objet de scénario d’étude.