Pour favoriser la mise en application de la DCE dans les DOM, des programmes locaux de développement de bio-indicateurs ont été entrepris à partir de 2008 sous la maîtrise d’ouvrage principale des gestionnaires locaux des hydrosystèmes (Offices de l’Eau et DEALs), avec des participations financières complémentaires émanant, selon le cas, du niveau national (Ministère de l’Outre-Mer, ONEMA), de l’Union Européenne (FEDER) et d’une part de financement propre souvent apportée par les équipes participant à la réalisation concrète des programmes. Dans ce cadre, le consortium Asconit-Irstea a pris en charge, entre 2008 et 2013, la réalisation de programmes de mise au point de nouveaux indices diatomiques des cours d’eau à la Réunion et aux Antilles et autofinancé, selon le cas, de 25 à 30 %.du coût total de chacun des projets. Les démarches Réunion et Antilles ont suivi des cheminements méthodologiques relativement parallèles et comparables sur le plan de la démarche biomathématique mise en oeuvre. A partir des données taxonomiques et abiotiques obtenues dans le cadre de 7 à 8 campagnes d’échantillonnage de terrain, des référentiels conséquents, atteignant au final 345 doublets de données exploitables à la Réunion et 607 aux Antilles, ont pu être constitués et faire l’objet de diverses analyses biomathématiques de données. Celles-ci se sont organisées en 5 étapes spécifiques d’investigation : 1) une biotypologie visant, à partir de la composition des assemblages, à repérer leur structuration sous les forçages naturels et sous l’emprise des pressions anthropiques ; 2) Une phase d’analyse exploratoire des données abiotiques (ACP complète ) visant à repérer l’organisation des données et les gradients principaux rencontrés au niveau physico-chimie et chimie de l’eau ; 3) Une analyse canonique des correspondances (ACC complète) visant à repérer la co-structuration des données générales d’environnement et des assemblages floristiques ; 4) une analyse canonique des correspondance restreinte, selon le cas, à 9 ou 10 variables physico-chimiques fortement influencées par les activités anthropiques (ACC restreinte), qui a permis de formaliser un gradient composite multimétrique d’anthropisation (GCMA) assis à la fois sur les données abiotiques et sur la matrice de réponse des assemblages diatomiques ; 5) le calcul du profil de qualité des espèces intervenant dans le calcul des futurs indices diatomiques, après seuillage sur un double critère d’occurrence et d’abondance relative minimale dans au moins un relevé, suivi de la formulation de l’indice. Il a ainsi été mis au point 2 versions successives d’IDR (Réunion) et d’IDA (Antilles) permettant au final de tirer parti de l’ensemble des données devenues mobilisables sur ces DOM à la fin 2013 et de remédier aux défauts de jeunesse diagnostiqués sur leur première version. Ces indices fonctionnent sur un principe général de repérage de taxons d’alerte, qui contribuent à la dégradation de la note d’indice avec un poids différent selon la catégorie à laquelle ils appartiennent. Un système d’évaluation propre à chaque DOM a ensuite été élaboré, conduisant à la proposition d’une grille spécifique d’évaluation, exprimée en EQRs, par grand ensemble naturel de chacun de ces DOM (2 grands ensembles naturels à la Réunion, 2 pour les Antilles regroupées). Ces grilles sont utilisables au relevé et devront faire l’objet d’une adaptation spécifique pour une agrégation temporelle au site. Elles ont été intégrées à un projet de nouvel Arrêté d’Evaluation dont la parution est prévue début 2015.