L’anguille euro-méditérranéenne Anguilla anguilla est considérée comme espèce en danger depuis son inscription à l’annexe II de CITES en 2007. Les causes essentielles du déclin de son stock dans toute son aire de répartition géographique sont: la dégradation des habitats, la surexploitation, les changements climatiques ainsi que les contaminants biologiques et chimiques. Pour répondre aux exigences de CITES et de l’Union Européenne quant à la protection de cette ressource, la Tunisie a élaboré son plan de gestion pour l’exploitation rationnelle de cette espèce. Ce dernier sera accompagné d’un programme de recherche qui traitera des différents aspects éco-biologiques, juridiques et socio-économiques permettant de mener à bien les différentes actions de sauvegarde et réaliser les objectifs fixés par ce plan. Dans ce contexte, la présente étude a été réalisée pour effectuer un premier suivi de l’état sanitaire des fractions de populations d’anguille dans les principaux systèmes lagunaires de la Tunisie septentrionale.