Depuis l’année 2007, plus de 130 000 jeunes esturgeons européens ont été marqués puis relâchés en Garonne et en Dordogne. Pourtant, l’efficacité des marquages réalisés en 2007 et 2008 s’avère très limitée : 6 mois après la balnéation dans du chlorhydrate de tétracycline à 300ppm pendant 8h, seulement 50% des individus présentent une marque. Pour améliorer le succès au marquage, de nouvelles concentrations en marqueurs et de nouvelles molécules ont été testées. Dans un premier temps, les expérimentations ont été réalisées sur un modèle biologique l’esturgeon sibérien Acipenser baerii. Ainsi, le protocole de marquage à la tétracycline à 600ppm pendant 8h a été choisi pour marquer les 33100 esturgeons européens déversés en milieu naturel l’année 2009. En revanche, les essais de marquage à l’alizarine red S se sont avérés peu concluants sur les esturgeons européens. Des ajustements sont nécessaires avant d’utiliser cette molécule pour les marquages à venir. Les expériences pratiquées sur notre modèle biologique, l’esturgeon sibérien, montrent que, malgré tous nos efforts pour optimiser la réussite au marquage, celle-ci reste relativement faible. Ainsi, la réussite au marquage estimée seulement un mois après balnéation n’excède pas 70%, pour les protocoles les plus efficaces. La nageoire pectorale est la structure préférentiellement prélevée chez l’esturgeon. C’est elle qui nous a permis de déterminer la présence ou non d’une marque. Cependant, une étude comparée de la qualité des marques observées sur différentes structures osseuses (les nageoires pectorales, les otolithes et les écussons dorsaux) montre que la nageoire pectorale n’est pas une structure fiable pour détecter les marques chimiques. Des travaux complémentaires sont nécessaires pour identifier d’autres structures osseuses adéquates pour la détection de la marque.