La forêt offre une contribution élevée et originale à la biodiversité continentale. Des enjeux forts de biodiversité résident dans les forêts anciennes, les vieux peuplements et le bois mort. La biodiversité forestière n'est pas exempte de menaces, et on manque cruellement d'informations sur le statut de menace de groupes typiquement forestiers (lichens, champignons, mousses, organismes inféodés au bois mort). La gestion forestière influence la biodiversité, au travers de la sylviculture, mais aussi de la mécanisation et de ses impacts sur le sol (via le tassement). Pour concilier production et protection, il existe toute une palette de pratiques possibles, qui vont de l'action individuelle applicable sur chaque parcelle (par exemple : conserver des pièces de bois mort) à des actions collectives à raisonner sur le territoire national (par exemple : réseau de réserves forestières intégrales). Ceci nécessite une concertation raisonnée, en particulier dans le contexte actuel marqué par une volonté d'accroître les prélèvements de bois en forêt.