Dans le cadre du programme Liteau II, une démarche a été développée pour la construction d'un indicateur multi-métriques basé sur la composante ichtyologique visant à évaluer l'état écologique des masses d'eau de transition estuariennes et lagunaires (Rapport Liteau II - Girardin et al. 2009). L'approche adoptée (Figure 1), de type pression-impact (Wasson et al. 2005), a consisté à modéliser la variabilité de divers descripteurs du peuplement (métriques) en fonction de pressions anthropiques tout en tenant compte de paramètres décrivant la variabilité du protocole d'échantillonnage et des caractéristiques physiques du système qui sont susceptibles d'influer sur la structure des peuplements de poissons dans les estuaires et les lagunes (Elliott and Dewailly 1995; Elliott and Hemingway 2002; Lobry et al. 2003; Pombo et al. 2005). Vingt-deux métriques candidates susceptibles de traduire la diversité et les fonctionnalités importantes des masses d'eau de transition ont été présélectionnées et calculées à l'échelle du trait de chalut dans les estuaires et à l'échelle de la station de pêche dans les lagunes. Leur réponse face à différents types de pressions anthropiques a été testée. Le détail des étapes de présélection des métriques et d'évaluation à dire d'experts du comportement de chaque métrique face à une augmentation du niveau de pression est décrit dans le Rapport Liteau II (Girardin et al. 2009). Le postulat de départ est que les résultats observés sur la structure et les abondances du peuplement de poisson à travers les pêches de contrôle de surveillance sont le reflet de la qualité des habitats dans lesquels vivent les espèces. La qualité des habitats dépend du niveau des pressions anthropiques de différentes natures qui s'exercent sur eux. Il est donc important de qualifier ce niveau de pression et d'identifier, pour certains aspects du fonctionnement de l'écosystème, quelles sont les pressions pour lesquelles nous pouvons identifier une réponse de l'écosystème et du peuplement de poisson. Puisque les estuaires et lagunes étudiés sont des systèmes que l'on peut considérer comme multi stress, la part d'explication apportée par chaque type de pression prise individuellement est recherchée. Bien sûr, il est nécessaire de trouver des pressions quantifiables pour l'ensemble des masses d'eau, c'est à dire que l'information existe déjà même dans le cas où elle est nulle. Parmi les différentes pressions identifiées et quantifiées sur les eaux de transition estuariennes, la pression décrivant le niveau de pollution, calculée à partir des données du Réseau National d'Observation (bio), apparaît comme celle ayant le plus d'effet sur les métriques. Dans les lagunes, c'est la pression des activités et aménagements des zones rivulaires (pression d'occupation des sols) qui explique le mieux la variabilité des métriques candidates car nous ne disposons pas de données fiables sur les pollutions (PCB, HAP, métaux lourds) en lagune (pas de campagne RNO (bio) récente), de nouvelles données sur les habitats ont été accumulées en cours d'année mais ne font pas encore partie des analyses réalisées à ce stade. Ces travaux sont présentés dans un deuxième rapport (Cottet and Lepage 2009). Les métriques ont été retenues pour la construction de l'indicateur poisson lorsque leur réponse face à la pression anthropique était conforme à celle que nous attendions (Tableau 1 et Tableau 2). Une méthodologie a également été élaborée pour calculer des seuils robustes entre trois classes de qualité pour les métriques de densités à l'aide de simulations (Courrat et al. 2009). Les travaux conduits dans le cadre du programme Liteau II ont ainsi permis de valider 4 métriques pour les estuaires (densité totale, densité de migrateurs amphihalins, densité des espèces benthiques et densité de juvéniles marins), et 3 métriques pour les lagunes (densité de migrateurs amphihalins, densité des espèces benthiques et densité des espèces zooplanctonophages). De nouvelles métriques candidates pour les lagunes ont été recherchées et sont présentées dans Cottet and Lepage (2009).