La théorie de la biogéographie insulaire repose sur le fait que la richesse spécifique des peuplements fragmentés dépend de l'équilibre entre taux d'immigration et taux d'extinction, la taille des « réserves naturelles » de l'habitat étant susceptible de conditionner l'efficacité de la conservation de la biodiversité (Diamond, 1975). La distribution spatiale des communautés pose dans la pratique le problème de bien déterminer la taille des réserves à étudier afin d'éviter le sous-échantillonnage. Dans cette étude des communautés périphytiques (diatomées et bactéries) de la Vézère et de la Garonne, nous avons cherché à identifier les apports du choix, à superficie identique échantillonnée, d'un prélèvement sur substrat de grande taille (Single Large) vs. plusieurs petits (Several Small). Des analyses quantitatives globales révèlent que les tendances sont variables selon le cours d'eau et selon les paramètres étudiés (matière sèche, chlorophylle, densité de diatomées). En règle générale, la quantité de biomasse par unité de surface est plus importante pour les grands substrats échantillonnés, soutenant la théorie selon laquelle une grande réserve est plus efficace que deux plus petites de superficie égale. L'étude qualitative souligne également l'influence de la taille de la réserve échantillonnée, en termes de diversité mais également en termes de structure spécifique, la composition des prélèvements réalisés sur substrats de plus grande taille indiquant une complexification plus rapide de la communauté.