Les effets des micropolluants sur les écosystèmes sont encore mal connus et dépendent de leurs persistance, biodisponibilité et toxicité. Il est toutefois admis que leur présence dans le Rhône constitue un danger pour la santé de la faune et des effets ont été déjà observés en particulier sur les poissons. Les données sont toutefois trop parcellaires pour se prononcer sur les effets à long terme des mélanges de micropolluants.