Ce rapport présente et compare les protocoles d'application de la méthode des microhabitats préconisés par le Cemagref et la Direction des Etudes et Recherches d'EDF, méthode utilisée pour définir l'influence de la valeur du débit réservé dans un tronçon de rivière donné sur la capacité d'accueil pour la truite fario ou le saumon atlantique. Il a pour but de servir de guide aux différents organismes amenés à utiliser cette méthode.