La structure du paysage est largement reconnue comme ayant un rôle majeur sur la biodiversité, en influençant directement les dynamiques des populations et des communautés. Mais le paysage peut aussi être appréhendé comme un bon indicateur des pressions anthropiques diffuses qui agissent sur le territoire et qui peuvent localement modifier la structure de la diversité. Face à ces pressions anthropiques, la réponse des écosystèmes peut à la fois varier dans l'espace mais aussi dans le temps, les écosystèmes pouvant garder une trace des évènements passés. En raison du temps de réponse des écosystèmes et des communautés suite à une perturbation, l'assemblage local des espèces peut ainsi être davantage expliqué par des évènements passés que présents. Ces processus ont surtout été étudiés sur les organismes terrestres, mais rarement sur les organismes aquatiques. L'objectif de cette étude est donc de tester l'importance relative de l'histoire du paysage, du paysage et des facteurs environnementaux sur l'organisation des patrons de diversité des macrophytes des lacs et étangs du littoral aquitain. Nous nous sommes intéressés aux bassins versants de 13 plans d'eau naturels, sur lesquels nous avons digitalisé l'occupation du sol en 1945, 1965, 1985 et 2000 à partir de photographies aériennes. Ce travail nous a permis, dans un premier temps, d'évaluer la dynamique paysagère au cours du temps. Globalement, l'occupation du sol montre une urbanisation croissante et une augmentation de la surface des champs cultivés alors que les surfaces en prairies/zones humides ont fortement régressées. L'influence de ce paysage ancien sur la richesse et la composition spécifique des macrophytes a ensuite été testée, de même que le paysage actuel, la composition chimique de l'eau (concentration des nutriments) et les caractéristiques physiques des plans d'eau (surface, périmètre, volume, temps de résidence). Globalement, la diversité des macrophytes (richesse et composition) est plus corrélée au paysage ancien que présent. La richesse spécifique est particulièrement expliquée par la surface forestière en 1945, l'artificialisation des terres en 1985, ainsi que par la concentration en nitrates et au volume du plan d'eau. La composition est fortement influencée par l'occupation du sol passée, les caractéristiques physiques des lacs et la concentration en phosphore. En revanche, aucune variable paysagère actuelle n'apparait comme explicative de la composition spécifique. Ces résultats soulignent l'importance de l'histoire du paysage sur l'organisation des patrons de diversité et suggèrent la présence de délais de réponse des communautés végétales face aux pressions anthropiques.