Un programme de Recherche-Développement de 3 ans, mené entre 2008 et 2011 par le consortium ASCONIT Consultants – IRSTEA sur financements Office de l’Eau de la Réunion, DREAL, FEDER, ONEMA et autofinancement partiel des deux partenaires, a été réalisé dans le but de mettre au point et de transférer un indice diatomique utilisable pour le diagnostic de qualité des cours d’eau de la Réunion (rapport final IDR daté du 10-10-2012), ainsi qu’un guide-taxonomique d’application et un guide-utilisateur. Cette première version d’indice était déjà relativement satisfaisante, mais il a été diagnostiqué quelques problèmes de jeunesse. Il a donc été jugé utile de tirer parti de 76 nouveaux relevés de terrain issus du fonctionnement annuel classique des réseaux de surveillance 2011 et 2012 (345 relevés pleinement utilisables pour 269 à l’issue du programme initial) pour tester de nouveaux prototypes d’IDR et choisir la version qui procure les meilleurs résultats. A cette occasion, les profils de qualité des espèces ont été recalculés et différentes règles d’utilisation ont été testées, de plus en plus raffinées au fur et à mesure des versions. Celle qui a donné le meilleur résultat est l’IDR_V5-4 (plus basse note naturelle possible ajustée sur [-330]. Après double seuillage sur l’occurrence totale et sur l’abondance relative minimale trouvée dans au moins un relevé, 192 taxons ont eu un profil de qualité calculé dans l’IDR. 12 étant des espèces à écologie haline, 180 participent effectivement au calcul d’indice, dont 125 Taxons + (pas de signification particulière vis-à-vis de l’altération anthropique) et 55 sont des taxons d’alerte, répartis en 3 classes dotées d’un poids d’altération différent selon l’intensité du message d’alerte qu’ils procurent. En dernière partie du présent rapport, il a été décliné et testé 2 grilles d’EQRs se référant au niveau de note de référence calculé dans 2 ensembles naturels différents de la Réunion, la Zone Ouest (plus chaude, plus sèche) et la Zone Est (plus arrosée et tempérée). Ces grilles calées dans un premier temps à un niveau standard (basculement TBE-BE à l’EQR = 0,94) permettent déjà de décliner des résultats d’évaluation réalistes sur ces 2 zones. Afin de bien préparer l’édition d’un nouvel Arrêté d’Evaluation qui s’appliquera pour tout le nouveau Plan de Gestion des Masses d’Eau à venir, un nouveau rapport « Evaluation de l’Etat Ecologique à la Réunion à partir des assemblages diatomiques des cours d’eau» sera prochainement élaboré et diffusé, qui permettra de choisir collectivement, en fonction du test de plusieurs scénarios de tunage fin, la grille d’Evaluation d’Etat Ecologique au calage jugé optimal pour chacune des 2 zones naturelles.