Un programme de Recherche-Développement de 3 ans, mené entre 2008 et 2011 par le consortium ASCONIT Consultants – IRSTEA sur financements Office de l’Eau de la Réunion, DREAL, FEDER, ONEMA et autofinancement partiel des deux partenaires, a été réalisé dans le but de mettre au point et de transférer un indice diatomique utilisable pour le diagnostic de qualité des cours d’eau de la Réunion (rapport final IDR daté du 10-10-2012), ainsi qu’un guide-taxonomique d’application et un guide-utilisateur. Cet IDR-V1 donnait déjà des résultats satisfaisants dans l’ensemble, mais rencontrait quelques problèmes sur des situations locales particulières, probablement occasionnés par le faible recul-données des référentiels. Aussi, il a été jugé utile de tirer parti de 76 nouveaux relevés de terrain issus du fonctionnement annuel classique des réseaux de surveillance 2011 et 2012 (345 relevés pleinement utilisables pour 269 à l’issue du programme initial) afin de tester de nouveaux prototypes d’IDR et de choisir celui qui procure les meilleurs résultats. Les profils d’altération des espèces ont été complètement recalculés et leurs règles d’utilisation pour le calcul de l’indice ont été progressivement raffinées au fur et à mesure des 5 versions différentes de prototypes d’indice testées. Le présent rapport fait état de ces travaux exploratoires, décrit les bases de construction de ces 5 prototypes et permet de statuer sur la version à retenir. L’IDR-V5 apporte une notation de l’altération et des classifications d’état des sites au relevé convaincantes et en conformité avec l’expertise de l’altération des sites. Il reste à décider collectivement, lors de 2 Atelier successifs EEE qui seront organisés à la Réunion les 26 et 29 Aout 2013, du niveau de calage fin des prototypes de grilles d’évaluation en EQRs attachées à 2 regroupements de zones biogéographiques de la Réunion (la zone naturelle Ouest, la zone naturelle Est), le niveau d’EQR de 0,94 semblant déjà relativement bien calé. La décision collective sur les grilles d’évaluation les plus convenables permettra ensuite de statuer sur l’état diatomique des sites sur la base des prélèvements diatomiques effectués à chaque campagne de terrain (évaluation au relevé).