Dans le contexte biogéographique particulier des Antilles, aucune méthode de bio-indication diatomique pré-existante n’est réellement utilisable pour diagnostiquer l’état écologique des cours d’eau, qui comporte de nombreuses espèces de diatomées tropicales inconnues en métropole. La DCE ayant vocation à s’appliquer dès que possible dans les DOM français, les Offices de l’Eau et DEALs de Martinique et de Guadeloupe, appuyés par l’ONEMA, ont lancé en 2009 un premier programme de recherche-transfert de 3 à 4 ans destiné : 1) à repérer et identifier les flores diatomiques de chaque Île ; 2) à étudier leur écologie ; 3) à mettre en place un nouvel indice diatomique spécifique destiné à être utilisé ensuite en routine dans le cadre des réseaux de surveillance. Ce programme initial, pris en charge par le consortium ASCONIT-IRSTEA, a abouti à une première version d’Indice Diatomique des Antilles utilisable (Rapport Final IDA du 14-10-2013). Cette première version présentait quelques défauts de jeunesse essentiellement dus à un manque de recul-données. La réalisation de campagnes complémentaires d’échantillonnage en 2012 et 2013 a permis de renforcer de façon ciblée certaines situations insuffisamment documentées. Au final, huit campagnes saisonnières de prélèvement, qui ont concerné en tout 130 stations réparties de façon presque égale sur les deux îles, ont permis de disposer de façon couplée d’échantillonnages d’eau et de mesures de terrain permettant de caractériser le milieu abiotique, ainsi que de prélèvements de biofilms diatomiques représentatifs de l’état des stations. 607 relevés complets ont été pleinement exploitables, permettant d’identifier et de compter 512 taxons diatomiques différents et de réaliser une nouvelle fois les analyses de données. Des analyses exploratoires à visée typologique ont notamment permis d’asseoir un zonage naturel simplifié en 2 grands ensembles naturels. L’IDA-2 (Indice Diatomique des Antilles, version 2) a été construit sur un Gradient Composite Multimétrique d’Anthropisation (GCMA) intégratif de 10 variables abiotiques significativement influencées par les pressions humaines. Sa division en 5 classes de qualité a permis, après intervention d’un double seuillage quantitatif, de calculer les profils écologiques de 186 espèces ainsi sélectionnées. 8 d’entre eux provenant d’entrés halines littorales, 178 taxons participent au final au calcul de l’indice, dont 131 «Taxons +» non–porteurs de message particulier relatif à l’altération anthropique. 47 taxons sont porteurs d’un message d’alerte. Par rapport à l’IDA-1, une interprétation raffinée de leurs profils a permis de les répartir en 25 «Taxons», révélateurs d’altérations anthropiques moyennes, et 22 «Taxons2» indicateurs d’altération anthropique forte, qui exercent un poids différent dans la diminution des notes d’indice. Une stratégie d’évaluation d’état écologique au relevé, basée sur l’élaboration de 2 grilles d’EQRs, une pour la zone aux eaux peu minéralisées des massifs volcaniques des 2 îles (Zone « Volcan »), et une pour la zone à hydrochimie naturelle fortement minéralisée regroupant les Mornes et la Plaine du Lamentin en Martinique (Zone « Plaine ») a pu être calée et donne satisfaction. Concernant l’évaluation temporelle intégrée au site, dans l’attente de stabilisation de règles officielles nationales qui seront diffusées dans un prochain Arrêté d’Evaluation, 4 types de scénarios prospectifs d’agrégation ont été testés et évalués dans le cadre de ce programme. Un scénario de type OO-AO ménagé avec tolérance 25% a donné des résultats satisfaisants en utilisant les mêmes grilles que pour déterminer l’état au relevé. Comme il n’est pas voué à passer en application, un travail complémentaire d’adaptation de ces grilles reste donc à réaliser sur la base des règles précises proposées au niveau national (moyenne sur 3 ans par site).