La Directive 2000/60/CE (DCE) vise à l'atteinte ou au maintien du Bon Etat Ecologique des masses d'eau européennes au terme de 2015. Cette Directive, qui a force d'application dans les Antilles Françaises comme pour la France métropolitaine, a cependant nécessité un délai inévitable de mise au point méthodologique de nouveaux outils utiles à sa mise en ½uvre dans le contexte local, les indices biologiques métropolitains (exemple des indices diatomiques IPS et IBD) n’étant pas adaptés biogéographiquement aux spécificités climatiques et floristiques qu’on y rencontre. Dans ce contexte, un programme de recherche trisannuel a été mis en place successivement en Martinique puis en Guadeloupe de 2009 à 2012, visant 1) à l'acquisition de la connaissance taxonomique et hydro-écologique nouvelle concernant les espèces et assemblages diatomiques de cette zone, dont l'information utile pour la surveillance sera reprise dans un guide taxonomique et 2) à la genèse d'un indice diatomique adapté au contexte Antillais et permettant l'évaluation judicieuse de l'Etat Ecologique. Des données complémentaires acquises les 2 années suivant l’achèvement de ce programme ont permis de combler des déficits de connaissance encore diagnostiqués à la fin du programme initial et de conforter la démarche d’analyse et d’élaboration de l’indice. La démarche biomathématique développée pour la conception du nouvel indice diatomique s'est articulée en 4 grandes étapes : 1) Une biotypologie réalisée à l'aide d'un réseau neuronal non supervisé (S.O.M.), a permis de repérer les principales communautés diatomiques et de préciser l'influence de leurs facteurs de forçage (naturels vs anthropiques). 2) Une analyse multivariée (ACC complète) a ensuite permis de repérer la structuration des gradients abiotiques naturels et d'anthropisation et leur influence sur les communautés des sites. 3) Une ACC restreinte basée sur une sélection de descripteurs abiotiques représentatifs des gradients anthropiques a servi à établir les profils écologiques des espèces constitutives de l’IDA. 4) Des grilles basées sur un zonage naturel des Antilles et formulées en équivalents de qualité écologique (EQRs) permettent d’évaluer l’Etat Ecologique au niveau de relevés individuels, ainsi qu’au niveau de sites après l’agrégation temporelle préconisée par Arrêté national.