Des substrats artificiels ont été posés dans des rivières des Coteaux de Gascogne à 10 stations et pour 5 périodes de 3 semaines au printemps et à l'automne 2008. La composition des communautés de diatomées du biofilm ayant colonisé les substrats a été analysée au regard des conditions physico-chimiques résidant dans l'eau. L'ambiance toxique moyenne pendant la période de colonisation a été caractérisée par des capteurs passifs (POCIS) qui intègrent les pics de concentration en herbicides résultant des traitements chimiques des cultures et des précipitations. L'analyse en composantes principales sur les données physico-chimiques a permis d'isoler un groupe d'échantillons ayant notamment en commun une faible exposition aux herbicides. Replacés dans l'analyse factorielle des correspondances sur les communautés, ces échantillons se démarquent d'un autre groupe caractérisé par des espèces des genres Pinnularia, Cocconeis, Planothidium, Rhoicosphenia. Ce dernier groupe, plus touché par les herbicides, est constitué d'une part d'échantillons provenant de stations amont dont les communautés varient peu au cours de l'année et d'autre part d'échantillons de printemps de stations plus aval dont les communautés changent à l'automne quand la contamination de l'eau est plus faible (résilience). L'effet apparent des herbicides sur les communautés de ce groupe doit cependant être nuancé par la corrélation entre les facteurs toxiques et trophiques, d'autant plus que certaines stations présentant des situations d'exposition aux herbicides très contrastées ne montrent pas de variations importantes de leurs communautés de diatomées.