La gestion forestière durable se préoccupe de biodiversité pour plusieurs raisons : prise de conscience de l'utilité fonctionnelle de la biodiversité pour l'écosystème forestier (recyclage des éléments, maintien de la fertilité, pollinisation, adaptabilité ), engagements internationaux, reconnaissance de l'état et de la vulnérabilité de la biodiversité forestière, de la contribution spécifique des forêts à la biodiversité d'un territoire et mesure des impacts des activités humaines sur la biodiversité forestière. L'effet des activités humaines sur la biodiversité forestière s'observe à trois échelles spatiales : le territoire (fragmentation et isolement des massifs), le massif (aménagement : linéaires intraforestiers, lisières, proportion et répartition des modes de traitement, des classes d'âge et des réserves) et la parcelle (mode de traitement, surface des coupes, modalités d'exploitation, stock de bois mort, sélection des essences ). L'argumentaire des bénéfices écologiques de ces pratiques est toutefois confronté à l'empreinte de la gestion passée ainsi qu'aux tendances socio-économiques et aux aléas écologiques du changement global.