Le suivi pluriannuel du lac de Miribel-Jonage a pour but de contrôler la qualité chimique et biologique de ces eaux. Les mesures réalisées dans le cadre du suivi 2007 confirment les résultats obtenus lors des études des années précédentes : la qualité physico-chimique de l'eau et la qualité biologique du lac apparaissent relativement bonnes associables à un niveau de trophie assez faible. On observe cette année encore que la partie amont du plan d'eau, non soumise au faucardage et colonisée par des peuplements d'hydrophytes submergées, présente une qualité physico-chimique et biologique différente de la partie aval car elle est sans doute plus influencée par la nappe phréatique. Les transparences mesurées ont augmenté depuis l'an dernier et l'on peut remarquer d'ailleurs que c'est le seul paramètre qui augmente constamment depuis 2001. L'année 2007 présente une augmentation modérée des teneurs en chlorophylle-a et une plus grande fréquence de concentrations en microcystine-LR supérieures au seuil de détection, dénotant un léger enrichissement du plan d'eau en biomasse de cyanobactéries. Cependant cette année encore les valeurs en microcystine-LR restent très inférieures au seuil de 1 µg/l fixé sur ce paramètre par l'OMS pour les eaux potables, avec un maximum mesuré de 0,20 µg/l. La composition du phytoplancton montre dès le mois d'août sur la partie aval du plan d'eau une prédominance des cyanobactéries parmi lesquelles domine toujours largement Microcystis aeruginosa. Cette dernière, comme en 2006, apparaît dès le mois de juin dans cette partie du plan d'eau. La composition des communautés de macrophytes du plan d'eau est très variable d'une zone à l'autre. La diversité spécifique des hydrophytes est notable, comportant plus d'une dizaine de taxons, associant des espèces indicatrices d'une bonne qualité d'eau comme certaines characées (Chara vulgaris, Nitella flexilis) à des espèces plus ubiquistes comme l'élodée de Nuttall ou le myriophylle en épis. La diversité des hélophytes est plus réduite, vraisemblablement dû à la relative inhospitalité des berges et aux activités humaines, même si certaines zones en amont du plan d'eau se sont révélées être des sites potentiels d'accueil d'une diversité floristique importante et d'intérêt patrimonial. D'une manière générale, par sa profondeur et son temps de séjour réduits, le lac des Eaux Bleues se range dans les milieux à faible inertie, et donc très sensibles à toute perturbation écologique, sur lequel les suivis de la dynamique des cyanobactéries et des cyanotoxines s'avérent essentiels pour assurer la compatibilité de sa qualité biologique avec les usages qui y sont développés.