La quantification des bactéries nitrosantes des boues activées peut être effectuée par marquage fluorescent in-situ (FISH) couplé à une analyse d'images. Les sondes Nmo218, Nso190 doivent être utilisées simultanément pour cibler l'ensemble des bactéries nitrosantes. Les images des échantillons hybridés sont acquises au microscope laser confocal et segmentées à l'aide du logiciel DAIME. Le seuil de coupure est le niveau d'intensité minimal à partir duquel on considère qu'un pixel appartient à la biomasse marquée. La biomasse totale, marquée par la sonde EUB est segmentée avec un seuil de coupure très faible (10 sur 250 unités). Un intervalle de seuils de coupures possibles est déterminé pour les deux sondes spécifiques. La mesure est réalisée avec deux seuils pris dans cet intervalle et le résultat est la moyenne des deux mesures. La répartition spatiale des bactéries ciblées est très hétérogène et 25 images sont nécessaires pour une mesure correcte. L'application de cette méthode pour le suivi d'un réacteur montre une bonne corrélation entre la population nitrosante estimée et l'activité nitrifiante mesurée.