Avec l’évolution récente du cadre législatif et réglementaire (loi Grenelle 1, décret portant réforme des études d'impact), l’obligation de compenser les impacts des projets d’aménagement étend son champ d’application aux atteintes portées aux continuités écologiques et à la biodiversité dite « ordinaire ». Cependant, en pratique, la prise en compte des enjeux de continuité écologique se résume, pour le moment, à une recherche de transparence écologique des infrastructures (logique de réduction). Ce rapport propose une synthèse analytique de la littérature scientifique internationale sur les éléments de connaissances et les questions essentielles sous-jacentes à l’intégration de la notion de fonctionnalité des continuités écologiques dans la mise en oeuvre de la séquence ERC. Si la question de la compensation au sens strict ne fait l’objet que de peu d’études, pour le moment, des travaux de recherche de modélisation des réseaux écologiques peuvent aider à orienter les choix des sites de compensation vers le rétablissement des connexions entre les habitats isolés par des projets d’aménagement (renforcement ou restauration d’une trame existante). La Trame verte et bleue, notamment via les Schémas Régionaux de Cohérence Écologique, est aujourd’hui questionnée en tant que localisation privilégiée de mesures compensatoires.