KOFIS est un système de gestion des connaissances développé par Irstea/Cemagref pour améliorer la capitalisation des connaissances en agriculture biologique. Ce système se compose de deux applications web d’annotation de contenu. Chacune de ces applications disposent d’un vocabulaire d’annotation organisé hiérarchiquement. L’objectif de notre travail est de proposer une méthode d’appariement de vocabulaires hiérarchisés. Notre proposition combine une méthode d’appariement terminologique avec une méthode d’appariement structurel. Notre méthode d’appariement structurelle est une adaptation de l’approche "similarity flooding", qui prend en compte des alignements initiaux, et la transitivité de certaines relations hiérarchiques.