De par leur taille importante, de nombreux élevages hors sol sur lisier sont confrontés à des problèmes d'envrionnement. Ceux ci sont liés à la difficulté de gérer rationnelleemnt par épandage agricole leurs effluents. Le problème est amplifié dans des zones sensibles par les odeurs et dans certaines régions à forte concentration par les excédents d'élements fertilisants qu'ils représentent. Les élevages doivent se mettre rapidement en conformité avec la réglementation.